Pedro Acosta logró su primera 'pole position' en la categoría reina en el GP de Japón con un crono de 1:43.018. A pesar de las difíciles condiciones provocadas por la llovizna en el circuito de Motegi, el novato se benefició de la anulación, en el último instante, de la vuelta récord de Marc Márquez, quien cometió un error al salirse del trazado en la curva 4.
Después de enfrentar problemas con el neumático trasero durante el 'Run 1', Francesco Bagnaia logró recuperarse y finalizó en segundo lugar, seguido por Maverick Viñales.
La segunda fila en Motegi estará liderada por Enea Bastianini, quien estará acompañado por Brad Binder y Franco Morbidelli. En la tercera fila se encontrarán Fabio Di Giannantonio, Marco Bezzecchi y el propio Marc Márquez. Álex Márquez, su hermano, partirá justo detrás de él. Jorge Martín, actual líder del campeonato, sufrió una caída que afectó su clasificación y comenzará desde el 11º puesto, seguido por Fabio Quartararo, quien logró avanzar tras superar la Q1.
La parrilla se completará desde la quinta fila con el siguiente orden: Raúl Fernández, Jack Miller, Aleix Espargaró, Johann Zarco, Joan Mir, Augusto Fernández, Álex Rins, Luca Marini, Takaaki Nakagami, Lorenzo Savadori y el 'wildcard' Remy Gardner.